Το όνομά τους οφείλεται κατά την παράδοση στις πελώριες σπηλιές, που έβλεπαν από μακριά οι κουρσάροι, θεωρώντας ότι τα νησιά είναι κούφια
Τα Κουφονήσια, ένα μικρό σύμπλεγμα των Μικρών Ανατολικών Κυκλάδων, είναι τέσσερα νησιά, (Το πάνω Κουφονήσι, Το κάτω, η Κέρος και το Γλαρονήσι) αλλά µόνο το ένα είναι κατοικηµένο, το πάνω Κουφονήσι όπου το χωρίζει ένας στενός πορθμός 200 μ. με το κάτω κουφονήσι.
Κοντά σε αυτά βρίσκεται στα ανατολικά η Νάξος, δυτικά η Αμοργός αλλά και η ερημωμένη Κέρος, η οποία αποτελεί προστατευόμενο αρχαιολογικό χώρο, αφού στο έδαφός της έχουν βρεθεί σημαντικά ευρήματα κυκλαδικής τέχνης.
Τα Κουφονήσια είναι αγαπημένος προορισμός όσων αναζητούν ήρεμες διακοπές, απάνεμες ακρογιαλιές με χρυσαφένια άμμο, μικρές φυσικές πισίνες με γαλαζοπράσινα, παραδεισένια νερά, μαγευτικό φυσικό τοπίο, αυθεντικό νησιώτικο γλέντι και ολόφρεσκα θαλασσινά.
Οι Κουφονησιώτες φημίζονται για το κέφι τους. Ανήμερα του Αγίου Γεωργίου, ο «πανηγυράς» περιφέρει την εικόνα του Αγίου με τα καΐκια του νησιού να τον συνοδεύουν παραπλέοντας την ακτογραμμή. Στις 24 Ιουνίου διοργανώνεται η «γιορτή του ψαρά» με προσφορά κακαβιάς. Τον Δεκαπενταύγουστο, οι ντόπιοι ταξιδεύουν με καΐκια στο Κάτω Κουφονήσι για το μεγάλο πανηγύρι της Παναγιάς.
Πάνω Κουφονήσι
Ένας λευκός ανεμόμυλος μας καλωσορίζει στο έμπα του λιμανιού. Πιο πάνω η Χώρα, ένας χαρακτηριστικός κυκλαδίτικος οικισμός με φρεσκοασβεστωμένα σπίτια και γραφικά σοκάκια. Στο κέντρο, δεσπόζει η εκκλησία του Αγίου Γεωργίου, προστάτη του νησιού.
Γνωριζουμε την ενδοχώρα πεζοπορώντας στα εσωτερικά μονοπάτια από τη Χώρα μέχρι τη Πάνω Μεριά. Ανατολικά του λιμανιού, ξεκινά ο κύριος δρόμος του νησιού, ο οποίος καταλήγει στο Πορί, την διάσημη εξωτική παραλία του νησιού.
Κάτω Κουφονήσι
Το Kάτω Kουφονήσι είναι σχεδόν έρημο και το επισκεπτόμαστε με σκάφος από το Πάνω Κουφονήσι. Έχει ωραίες αμμουδιές, γραφικά τοπία και την εκκλησία της Παναγίας, χτισμένη πάνω σε αρχαία ερείπια.
Κέρος
Η Κέρος είναι νησίδα βορειοδυτικά της Αμοργού με ιδιαίτερο αρχαιολογικό ενδιαφέρον. Στην αρχαιότητα το νησί ονομαζόταν Κέρεια ή Κερία, με την πρώτη αναφορά του ονόματός του να γίνεται το 425 π.X., σε μια επιγραφή με τα ονόματα των φορολογουμένων συμμάχων της Αθηναϊκής Δημοκρατίας.
Ορεινή, άγονη, μη κατοικήσιμη, χωρίς πηγές πόσιμου νερού και χωρίς δυνατότητες εύκολης πρόσβασης, η Κέρος διαθέτει ως κυριότερο πέτρωμα το μάρμαρο και μάλιστα το λευκό και λεπτόκοκκο επικρατεί των άλλων. Η επιφάνειά της εκτιμάται στα 15,2 τ.χλμ. ενώ έχει μήκος ακτών 27 χιλιόμετρα.
Λόγω του πολιτιστικού της πλούτου αυτού έχει λεηλατηθεί επανειλημμένα κατά το παρελθόν από λαθρανασκαφείς αρχαιοκάπηλους. Από εκεί προέρχεται ο λεγόμενος “Θησαυρός της Κέρου”, παλαιότερα στην συλλογή Ερλενμαγερ και σήμερα, το μεγαλύτερο τμήμα του, στο Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης.
Συστηματικές ανασκαφές διενεργήθηκαν από την Αρχαιολογική Υπηρεσία το 1963, το 1967. Ευρήματα από την Κέρο εκτίθενται στο Μουσείο της Νάξου.